Il 29.03.2010, la Soprintendenza ha quindi trasmesso al Comune di Bodio Lomnago il progetto preliminare, realizzato dalla stessa, per la realizzazione di ricerche approfondite e di studio della palafitta. Il Comune di Bodio Lomnago vi ha aderito, partecipando al bando di Regione Lombardia finalizzato alla promozione di interventi di valorizzazione del patrimonio archeologico lombardo per l’anno 2010.
Il 15.06.2011 la Giunta Comunale di Bodio Lomnago ha approvato il progetto definitivo ed esecutivo “Le palafitte dell’area varesina: studio, tutela e valorizzazione della palafitta di Bodio Lomnago”, ultimo adempimento propedeutico all’inizio delle ricerche, svolte sotto la direzione scientifica della Soprintendenza Archeologica. Le ricerche si sono concluse nel 2012.
Bisogna premettere che, sebbene le ricerche e gli studi siano stati effettuati su ampio spettro, i risultati sono limitati rispetto all’estensione del sito, ben più ampio di quanto si pensasse inizialmente: l’area palificata dell’abitato di 160x70 metri è stata delimitata tra il 2006 ed il 2009 ed ha una superficie notevolmente più estesa di quanto supposto fino ad allora. Le indagini hanno permesso di identificare e mappare un totale di 321 pali. Pertanto, le indagini si sono concentrate solo su un’area campione, individuata con il punto di maggiore presenza di pali, inizialmente pari a 50 metri quadrati e successivamente estesa a 100.